De Sequentie faciliteit is een UMC-brede faciliteit ontstaan vanuit de DNA-diagnostiek. De faciliteit is gesitueerd in het laboratorium van de sectie DNA-diagnostiek van de afdeling Antropogenetica in het UMC St Radboud.

DNA sequencing, waarmee de volgorde van de vier deoxyribonucloetide basen (adenine, cytosine, thymine en guanine) in een DNA fragment wordt bepaald is gebaseerd op de Sanger methode m.b.v BigDye Terminator Applied Biosystems). DNA fragment analyse, waarbij een mix van gelabelde DNA fragmenten op grootte worden gescheiden, waarna een profiel wordt gemaakt. Deze monsters worden geanalyseerd m.b.v. 3730 DNA Analyzer of 3100 DNA Analyzer van Applied Biosystems.

• Na het aanleveren van de monsters worden deze ingedampt in een speedvac.
• Vervolgens wordt er reactie mix toegevoegd en wordt de cycle sequence reactie uitgevoerd.
• Condities cycle sequence reactie: 120 sec 94°C, 28x(7sec 96°C, 10sec 50°C, 240sec 60°C)
• Na de reactie worden de monsters gezuiverd met de robot met d.m.v. ethanol precipitatie.
• Vervolgens worden de monsters geanalyseerd op de 3730 of 3100.
• Na de een run worden de monsters automatisch geanalyseerd m.b.v ABI basecaller en worden ze weggeschreven in een BioLIMS database. Tevens wordt er een print van de sequentie gemaakt.

Voor meer informatie kunt u mailen naar: seqfac@antrg.umcn.nl